バイオインフォマティクス奮闘記

農学系大学院の博士課程に進学するも、様々な苦難に遭遇することとなった筆者。運命に逆らおうともがき続けるも、黒塗りの高級車に追突してしまう。フレッドと後輩をかばいすべての責任を負った三浦に対し、車の主、暴力団員谷岡が言い渡した示談の条件とは…。

gpasswdコマンド

概要 グループのパスワードやグループに所属するメンバーの変更を行うコマンド。 /etc/groupファイルを管理する。 使用方法 $ gpasswd [option] group ・-a (--add): グループにユーザーを追加する ・-d (--delete): グループからユーザーを削除する ・-r (-…

図形作成あれこれ

できるだけ簡便かつ高画質でできる方法をいくつか見つけたので、備忘録として。 全体的にSVG変換→パワポに持ち込むという流れが便利。 RNA二次構造 任意の方法でRNA高次構造を予測し、dot-bracket形式*で出力する。 *Position: 8 ... 34UUCCGAAGCUCAACGGGAAA…

論文を書く時の注意事項

ONTのDRSを用いたウイルスデノボーシーケンスの論文を書く際にかなり手間取ったので、論文を書く前に確認しておくこと、各際に注意することなどについてをまとめる。 実験を始める前に 研究をする際には、それを発表するということを前提にしておかなければ…

Transcribing DNA into RNA

ROSALIDの二問目 DNA→RNAの変換を行う。 参考 文字列変換 https://note.nkmk.me/python-str-replace-translate-re-sub/ terminalのtrコマンドつかいかた https://www.atmarkit.co.jp/ait/articles/1610/03/news017.html 自分の答え file_name='./rosalind_rn…

Counting DNA Nucleotid

バイオインフォマティクスの学習に必要な情報や、問題を提供するサイト ROSALIND rosalind.infoで、Pythonを用いたバイオインフォマティクス技能の学習を行う。 5つコンテンツがあるが、問題形式で学習するスタイルが好きなので、上段真ん中の"Bioinformatic…